В 2004 году основано эндоскопическое отделение, которое возглавил врач-эндоскопист высшей квалификационной категории Шаров Алексей Сергеевич, 10 лет проработавший в Областном консультативно-диагностическом центре г.Пенза, включая экстренную эндоскопическую службу по санитарной авиации.
 Получено современное эндоскопическое оборудование: фибробронхоскоп, фиброколоноскоп, фиброгастродуоденоскоп с видеокамерой, электрохирургический блок для полипэктомии, остановки кровотечений желудочно-кишечного тракта, инструментарий для удаления инородных тел верхних отделов желудочно-кишечного тракта. Вся эндоскопическая техника производства японской фирмы «Olympus».
    Оборудование позволяет проводить сложные манипуляции детям от 1 дня рождения до 18 лет.
  В 2011 году получено и широко применяется оборудование немецкой фирмы «Karl Storz” для проведения ригидной бронхоскопии.
     С 2013 года проводится баллоная дилятация пищевода у детей после ожога химическими реагентами, которая позволяет исключить в последствии формирование рубцовых стриктур и стенозов пищевода.
   Активно практикуется установка назогастроинтенстинального зонда при атонии желудка и ДПК с помощью сосудистого проводника через биопсийный канал эндоскопа для энтерального питания.
 В 2014 году получена новая видеосистема для фиброгастродуоденоскопии японской фирмы «Fujinon”, оснащенная эндоскопом для детей от 1 года до 18 лет (диаметр 8,0 мм) и эндоскопом для новорожденных и недоношенных детей (диаметр 5,5 мм).

  В эндоскопическом отделении проводятся: фиброэзофаго-гастродуоденоскопия, фиброколоноскопия, фибробронхоскопия, удаление инородных тел, полипэктомия (удаление доброкачественных новообразований верхних и нижних отделов желудочно-кишечного тракта), диагностика врожденных пилоростенозов, установка назогастральных зондов для энтерального питания при рубцовых стенозах пищевода после химических ожогов.
  В отделении имеется эндоскопическая видеосистема, позволяющая проводить коллегиальный осмотр пациентов с лечащими врачами для решения дальнейшей тактики лечения или оперативного вмешательства.